ワシントン・サミットへ向け、各国首脳が米国へと集結する中、ニューヨーク沖ではついに「やまと」と米大西洋艦隊40艦が激突。
米海軍の要撃作戦「ナイアガラ・フォールズ」を「やまと」は爆圧を利用した原潜初の操艦「飛行」により回避。
探信音のみで、米大西洋艦隊を精神的においつめる「やまと」。
「次は魚雷」という威嚇に翻弄される米艦隊は、ことごとく探信音で「撃沈」されてしまう。
探信音のみを使用し続けていた「やまと」が、ついに米大西洋艦隊に対し魚雷攻撃を開始。
火と油に染まってゆくニューヨーク沖の悲惨な光景を全世界が目撃する。
米大西洋艦隊全40艦のうち39艦までを撃破し、圧倒的な戦闘力を見せる「やまと」が、唯一残った米空母「T・ルーズベルト」に探信音を打ったとき、空母から攻撃機が発進。
「やまと」は体当たりを受けてしまうが…!?米空母艦載機の体当たりを受け「やまと」は魚雷発射装置を故障、使用可能な発射管がただ１門のみとなってしまう。
その状況は「やまと」が「核」を使用するかもしれないという極限状況を指し示していた。
再び一団となった米大西洋艦隊は「やまと」の背後から大量のアスロック魚雷を発射するが、「やまと」は艦を180度回頭し、魚雷全弾を引き連れて同艦隊へと逆戻りを開始した。
米大統領・ベネットは「やまと」の核攻撃を覚悟の上で、米大西洋艦隊に総攻撃を指示。
ついに「やまと」から２発のハープーンミサイルが発射された。
核――？ ニューヨーク市民はもとより、全世界が核の恐怖を体験し、第３次世界大戦への危機を体感する。
この攻撃によりベネットはついに停戦を決意する。
ニューヨーク沖での戦闘に代え、ワシントンでの政治的勝利を狙う。
ニューヨーク沖に浮上した「やまと」は機関停止し、アメリカに対し友好同盟を希望するメッセージを発信。
米大西洋艦隊ナガブチ大佐は、攻撃中止を決断した。
直後、「やまと」の甲板に乗員が整列、米本土に敬礼したため再攻撃はためらわれる状況となる。
そのすきを突きヘリで接近したACN・TVクルー５名が「やまと」に乗艦。
「やまと」国民となった５名は「情報国家やまと」として活動を開始する。
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